Zakład Paleobotaniki gromadzi i opracowuje, liczące łącznie około 100 tysięcy pozycji, kolekcje kopalnych flor oraz zbiory porównawcze okazów roślin współczesnych.

Materiały kopalne są podzielone na 3 podzbiory: flory starsze od paleogenu (starsze od 65 mln lat), flory paleogenu i neogenu (65 mln lat - 2.6 mln lat) oraz flory czwartorzędowe (2.6 mln lat aż po okres nowożytny) zawierające liczne materiały archeobotaniczne ze stanowisk archeologicznych. Wśród flor najstarszych dominują uwęglone fragmenty roślin, w tym głównie liści, ale również fragmenty pędów, nasiona i szyszki oraz spory i ziarna pyłku. W zbiorze znajdują się okazy w postaci fragmentów skał, w których zachowane są części roślin, szlify zmineralizowanych fragmentów roślin, głównie pni lub gałęzi, preparaty kutykularne oraz palinologiczne. Zbiór flor paleogenu i neogenu jest bogaty w owoce i nasiona oraz okazy w postaci fragmentów skał z odciskami lub uwęglonymi częściami roślin, preparaty całych liści i innych fragmentów roślin oraz preparaty kutykul. Flory czwartorzędowe to głównie owoce i nasiona, ale również liście, łuski nasienne i szyszki oraz drewna. Wśród materiałów archeobotanicznych ze stanowisk archeologicznych dominują zwęglone, storfiałe lub zmineralizowane owoce i nasiona, ale są też węgle drzewne oraz odciski roślin w ceramice i polepie.

Zbiory porównawcze roślin współczesnych tworzone są systematycznie od 1954 r. Składają się z bogatej kolekcji owoców i nasion, zielnika liści, preparatów kutykularnych, drewien i węgli drzewnych oraz roślin torfotwórczych. Na uwagę zasługuje też unikatowy, liczący około 20 tysięcy preparatów, zbiór palinologiczny.

Kolekcja znajdująca się w Zakładzie Paleobotaniki Instytutu Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk w Krakowie jest jedyną tego typu w Polsce i jedną z nielicznych w Europie bazą do studiów i różnorodnych prac badawczych dla studentów, doktorantów i naukowców.


GALERIA