Zajmujemy się badaniem powiązań pomiędzy organizmami a ich środowiskiem biotycznym i abiotycznym, oraz ewolucyjnymi uwarunkowaniami i skutkami tych powiązań. Interesują nas zjawiska ekologiczne zachodzące na różnych poziomach organizacji, poczynając od poziomu molekularnego, poprzez poziom osobniczy, populacyjny i ekosystemowy, aż po takie, które obserwowane są w skali całej biosfery. Obiektami naszych badań są mikroskopijne sinice i mikroorganizmy glebowe, a także mchy, rośliny zielne, krzewy i drzewa, które występują zarówno w ekosystemach naturalnych jak i zdegradowanych. Poszukujemy odpowiedzi na pytania dotyczące mechanizmów, jakie rządzą funkcjonowaniem ekosystemów i budujących je elementów m.in.: Jak na życie roślin wpływają ich interakcje ze zwierzętami? Jakie czynniki decydują o przestrzennych i czasowych wzorcach reprodukcji roślin? W jaki sposób naturalne zaburzenia kształtują dynamikę ekosystemów leśnych? Jakie czynniki kształtują zespoły mikroorganizmów glebowych? Jakie mechanizmy uruchamiane są w roślinach w obronie przed patogenami? Jak rośliny reagują na zanieczyszczenia powietrza i gleby? Jak rośliny inwazyjne modyfikują funkcjonowanie rodzimych ekosystemów? Jak zmiany klimatu wpływają na przyrost tkanki drewna u drzew i jak te zmiany odzwierciedlają się w globalnym wzorcu produkcji drzewostanów? Jakie są skutki zakwitów sinic dla ekosystemów wodnych? Ta rozmaitość podejmowanych problemów badawczych odzwierciedla się w szerokim spektrum metod, które stosujemy. Są wśród nich m.in. analizy molekularne i genetyczne, bioinformatyka, chemiczne analizy ilościowe i jakościowe tkanek roślinnych, gleby i wody, dendrochronologia i geoinformatyka.