Misją Instytutu Botaniki im. W. Szafera PAN jest badanie różnorodności flor współczesnych i kopalnych świata oraz ich dokumentowanie poprzez gromadzenie zbiorów zielnikowych, a także upowszechnianie wiedzy botanicznej oraz badanie praktycznych możliwości zastosowania w gospodarce rozwiązań na bazie materiałów i substancji biologicznych.

Dążąc do realizacji misji, Instytut prowadzi badania korzystając z najnowszych metod i technik badawczych, w tym eksperymentalnych, z zakresu:

• systematyki, ewolucji, geobotaniki roślin i grzybów; filogenetyki i filogeografii w celu poznawania i wyjaśnienia ewolucyjnych mechanizmów powstawania nowych taksonów, procesów odpowiedzialnych za dynamikę geograficznego rozmieszczenia organizmów i dróg ich migracji;
• ekologii, w tym współzależności pomiędzy różnymi grupami organizmów a środowiskiem oraz reakcją organizmów na zachodzące obecnie zmiany klimatyczne;
• paleobotaniki, w celu zrozumienia ewolucji flory, historii kształtowania się składu zbiorowisk roślinnych, pojawiania się i rozprzestrzeniania gatunków w przeszłości geologicznej obejmującej 250 mln. lat oraz roli zmian klimatycznych i wpływu zmieniających się w czasie form aktywności człowieka jako czynników kształtujących środowisko i wpływających na dynamikę jego przemian w czasie i przestrzeni.

Realizacja badań na najwyższym poziomie naukowym pozwoli na osiągnięcie celu strategicznego jakim jest systematyczne wzmacnianie  międzynarodowej pozycji  Instytutu wśród placówek prowadzących badania botaniczne oraz właściwe kształcenie nowej kadry naukowej.