Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk jest placówką naukową, której misją jest badanie różnorodności flor współczesnych i kopalnych świata oraz dokumentowanie ich przez gromadzenie zbiorów zielnikowych i upowszechnianie wiedzy botanicznej. Do celów strategicznych należą:

- ugruntowanie roli Instytutu wśród placówek prowadzących badania nad bioróżnorodnością flor współczesnych i kopalnych w Europie;

- wzmocnienie międzynarodowej pozycji i zwiększenie udziału Instytutu w badaniach globalnych w ramach działających konsorcjów;

- rozwijanie potencjału badawczego przez umożliwienie mobilności pracowników naukowych.

Osiągnięcie stawianych celów zapewni realizacja następującego programu działania:

- kontynuowanie badań z systematyki ewolucyjnej, fitogeografii i geobotaniki roślin i grzybów, 
oraz ekologii z wykorzystaniem najnowszych metod i technik badawczych;

-rozwój badań z zakresu filogenetyki i filogeografii w celu poznawania i wyjaśniania ewolucyjnych mechanizmów powstawania nowych taksonów, procesów odpowiedzialnych za dynamikę geograficznego rozmieszczenia organizmów i dróg ich  migracji;

- rozwiązywanie problemów z zakresu paleobotaniki jako podstawy dla zrozumienia historii kształtowania się zasięgów roślin, składu zbiorowisk roślinnych, pojawiania się i rozprzestrzeniania gatunków oraz roli zmian klimatycznych i wpływu człowieka jako czynników kształtujących roślinność minionych epok geologicznych i współczesnych;

- kształcenie kadry naukowej na różnych szczeblach i popularyzowanie wyników badań.

Do realizacji strategicznych celów i programu badawczego wykorzystywane są między innymi:

- specjalistyczne laboratoria (hodowli glonów, mykologiczne, genetyczne, ekologiczne);

- Pracownia Badań Molekularnych; 

- Stacja Terenowa w Szarowie;

- zbiory zielnikowe i kolekcje paleobotaniczne;

- Centrum Edukacji Przyrodniczej; 

- Studium Doktoranckie Nauk Przyrodniczych PAN w Krakowie.