ZAKŁAD EKOLOGII

- Wpływ zanieczyszczeń powietrza na środowisko

- Biologia i ekologia organizmów w terenach obciążonych metalami ciężkimi

- Renaturyzacja obszarów zdegradowanych

- Struktura i dynamika fitocenoz leśnych


PRACOWNIA ANALIZ MOLEKULARNYCH

- Zagadnienia struktury bioróżnorodności i dynamiki jej zmian w czasie i przestrzeni. Podstawowym modelem biologicznym badań są organizmy ekosystemów zimnych (alpejskich i arktycznych)

- Badania zmienności i dywergencji populacji organizmów środowisk zimnych o dysjunktywnych zasięgach, w celu rekonstrukcji ich historii biogeograficznej i populacyjnych procesów genetycznych, m.in. w kontekście     zmian klimatu (wpływu zmian historycznych oraz prób modelowania dynamiki przyszłych zmian w rozmieszczeniu i zmienności organizmów wysokogórskich) w oparciu o techniki analiz molekularnych

- Badania z zakresu filogeografii, filogenetyki i ewolucji, genetyki konserwatorskiej


ZAKŁAD SYSTEMATYKI I FITOGEOGRAFII ROŚLIN NACZYNIOWYCH

Biosystematyka i chorologia krytycznych lub słabo poznanych gatunków roślin naczyniowych

- Wewnątrzgatunkowe zróżnicowanie i filogeografia środkowoeuropejskich przedstawicieli rodzajów Symphytum  i Saxifraga 

- Naturalne mieszańce międzygatunkowe w obrębie rodzaju Calamagrostis Adanson 

- Taksonomia i chorologia rodzajów Agrimonia i Leucoium 

- Rozmieszczenie wybranych gatunków traw w Polsce (Leersia oryzoides)

- Chorologia roślin naczyniowych południowo-wschodniej Polski 

- Taksonomia i chorologia rodziny Trapaceae w trzeciorzędzie Eurazji 

Filogeografia roślin w Eurazji

- Badania molekularne wybranych przedstawicieli Triticeae: analizy powiązań filogenetycznych 

- Zróżnicowanie genetyczne a filogeograficzna historia kształtowania zasięgów europejskich taksonów Melica ciliata s.l. 

- Analiza filogeograficzna Hordeum murinum L. 

- Ekogeograficzna i filogeograficzna analiza zjawiska mylonitowego we florze roślin naczyniowych Tatr 

- Filogeografia kserotermicznych gatunków z rodzaju Campanula w Europie Środkowej: pokrewieństwo taksonomiczne, podobieństwo ekologiczne a analogie historii kształtowania się zasięgu 

- Filogeografia Saxifraga hirculus L. (we współpracy z Pracownią Analiz Molekularnych IB PAN)

- Chorologia, struktura genetyczna i filogeografia Viola uliginosa Bess

- Chorologia gatunków rzadkich: Ranunculus (Batrachium) baudotii (Godr.) Bosch, Campanula cervicaria L., Eleocharis carniolica 

- Wikaryzm i pseudowikaryzm wysokościowy we florze Polski – wzorce przestrzenne, uwarunkowania środowiskowe i filogeografia wybranych gatunków  

Flora Polski – rośliny naczyniowe (Nowa seria z ikonografią Flory Polski)

Inne:

- Biologiczne podstawy ustalania i prognozowania zmian bioróżnorodności gatunków i ekosystemów Europy (projekt ECOCHANGE w ramach 7PR UE)

- Atlas rozmieszczenia, wzorce przestrzenne i analiza fitogeograficzna flory roślin naczyniowych Tatr


 ZAKŁAD FYKOLOGII 

- Badania nad taksonomią, florystyką, ekologią i biogeografią glonów słodkowodnych Polski i innych krajów Europy oraz USA, Azji, Afryki i Antarktyki. Podstawowym modelem biologicznym badań są zbiorowiska    glonów zasiedlających źródła, potoki, rzeki, kałuże, stawy, jeziora i torfowiska

Zasadnicze aspekty swojej działalności naukowej Zakład opiera na badaniach takich grup jak: Euglenophyceae, Bacillariophyceae, Chrysophyceae, Synurophyceae (stomatocysty) i Chlorophyceae - Chlorococcales  z wykorzystaniem klasycznych metod badań fenotypowych przy użyciu  nowoczesnych mikroskopów świetlnych i elektronowych

- Gromadzenie i opracowywanie zbiorów bibliograficznych flory Polski, indeksu nazw łacińskich glonów podawanych z Polski i ikonografii flory glonów świata. Rozwijane są tu również kolekcje kultur glonów  słodkowodnych


ZAKŁAD MYKOLOGII 

- Badania taksonomiczno-chorologiczne grzybów podstawkowych (Basidiomycota) –  Agaricomycotina (grzyby agarikoidalne i afylloforoidalne), Pucciniomycotina (szczególnie rząd Microbotryales), Ustilaginomycotina,   grzybów workowych (Ascomycota) oraz śluzowców (Myxomycetes), szczególnie w Europie i Afryce

- Badania taksonomiczno-biogeograficzne wielkoowocnikowych grzybów arktyczno-alpejskich w wyspowych alpejskich siedliskach Karpat i innych gór Europy Środkowej

- Badania różnorodności gatunkowej śluzowców przyśnieżnych w górach świata

- Bioróżnorodność czarnych drożdży na skałach i skalnych zabytkach

- Powiązania grzybów workowych z żywicielem Dryas octopetala

- Badania populacji grzybów w ekstremalnych środowiskach (wysokie masywy górskie, jaskinie i kopalnie)

- Taksonomia, filogeneza, ekologia, chorologia i ochrona grzybów afylloforoidalnych zasiedlających martwe drewno w lasach pierwotnych północnej i południowej półkuli

- Grzyby kortycjoidalne Polski – zróżnicowanie taksonomiczne, rozmieszczenie, ekologia i ochrona, ze szczególnym uwzględnieniem różnorodności gatunkowej na obszarach chronionych


 ZAKŁAD PALEOBOTANIKI

- Badania palinologiczne i makroskopowych szczątków roślin z mezozoicznych osadów z terenu Polski

- Badania neogeńskich flor liściowych z terenu Polski. Zarys tafonomii roślin

- Analiza palinologiczna osadów neogeńskich z terenu Polski i innych krajów Europy oraz USA. Taksonomia kopalnych sporomorf neogenu Polski

- Rekonstrukcje paleośrodowiskowe i paleoklimatyczne z plejstocenu Polski oparte na multidyscyplinarnych badaniach długich sekwencji osadów

- Czwartorzędowa historia roślinności południowo-wschodniej Ukrainy na podstawie badań palinologicznych i analizy makroskopowej flory kopalnej ze Staruni (Karpaty Wschodnie)

- Historia naturalnych i antropogenicznych przemian roślinności w późnym glacjale zlodowacenia Wisły i holocenie na obszarze Polski i Słowacji

- Ewolucja zbiorników wodnych

- Analiza procesu kształtowania się krajobrazu kulturowego oraz historia roślin uprawnych i użytkowych w Polsce i Europie. Badania karpologiczne, palinologiczne, ksylologiczne i antrakologiczne materiału roślinnego   na stanowiskach archeologicznych różnego wieku

- Badania archeobotaniczne średniowiecznego Krakowa jako źródło informacji o życiu jego ówczesnych mieszkańców

- Badania palinomorf niepyłkowych, m. in. kopalnych mikroszczątków glonów słodkowodnych i kopalnych grzybów nalistnych z kenozoiku środkowej Europy i zastosowanie ich w rekonstrukcji paleośrodowiska

- Badania melisopalinologiczne miodów

- Rozwój programu komputerowego POLPAL 2004


 PRACOWNIA BRIOLOGII

Badania naukowe w Pracowni Briologii koncentrują się głównie na taksonomii i biogeografii mszaków krajowych i egzotycznych. Prowadzone są one w skali całego świata, przy czym większość z nich dotyczy Antarktyki, Subantarktyki, Ameryki Południowej i Afryki tropikalnej.


PRACOWNIA LICHENOLOGII 

- Badania z zakresu taksonomii (w tym chemotaksonomii i zmienności molekularnej) oraz filogenezy, różnorodności, chorologii i ekologii wybranych grup porostów

- Dynamika zmian bioty porostów oraz ich zagrożenia i ochrona. Najszerzej zakrojone badania prowadzone są na obszarze Europy i Ameryki Południowej; ponadto, w węższym zakresie, na terenie Ameryki Północnej, Azji oraz w rejonach polarnych. Dodatkowo, Pracownia prowadzi bogaty i bardzo różnorodny (tak pod względem taksonomicznym jak i geograficznym) zbiór zielnikowy (KRAM-L), który jest na bieżąco uzupełniany materiałami dokumentującymi badania i pozyskanymi na drodze wymiany naukowej